Durante su larga historia, la flauta dulce se ha fabricado de los materiales más diversos, dependiendo de su finalidad y de lo que estuviera más a la mano en cada época, como caña, bambú, barro, madera, hueso animal o humano, metal, plástico, marfil, etc. En la actualidad las flautas de pico se fabrican principalmente en dos materiales.
Madera
La madera siempre ha tenido lugar importante en la fabricación de flautas de pico debido a su mayor calidad sonora comparada con otros materiales. Recordemos que la flauta dulce, al igual que otros instrumentos de viento, emite su sonido debido a la vibración del aire al pasar por su tubo interior . La madera tiene altas cualidades vibratorias, por lo que tiene gran influencia en lograr un buen tono musical y una rica sonoridad. En la actualidad es la elección por defecto si alguien quiere dedicarse seriamente al estudio y ejecución de la flauta de pico.

Pero en la fabricación de flautas dulces hay diversas calidades de maderas utilizadas. Están las maderas suaves, más porosas y de poca densidad, que producen un sonido más suave, difuso y cálido. Dentro de estas tenemos el peral, el olivo, el cerezo y arce, entre otros. Las maderas más duras, de menos porosidad y más pesadas – que por lógica son más caras – generan un sonido más centrado, con mayor proyección y más brillante. Entre estas destacan el palisandro, el palo de rosa (palorosa), cocobolo, ébano y granadilla. Estas son las preferidas por los flautistas profesionales.
Resina
Durante la Segunda Guerra Mundial, el conflicto bélico dificultó encontrar buena madera en Europa, lo que permitió probar su fabricación con otros materiales menos costosos y más fáciles de encontrar. Las primeras flautas de plástico (acetato de celulosa) se fabricaron en Inglaterra a inicios de la Segunda Guerra Mundial por Schott & Co. De ahí el instrumento fabricado en resina o plástico se hizo popular tanto en Inglaterra y Alemania y se inició su producción en serie para su uso en las escuelas.
Al ser la resina un material extremadamente duro y de escasa porosidad, tiene dos inconvenientes: la vibración del aire es menor, no se expande tanto como sucede con la madera, de ahí que el sonido de una flauta dulce de plástico sea más plano y soso. Algunos fabricantes utilizan una resina especial, que hasta cierto punto imita la madera, de modo que emiten un sonido más cercano al de una flauta de madera que al de una de plástico.

El segundo inconveniente de las flautas de resina es su mayor efecto de condensación. Al tener poca capacidad de absorción, mantienen el agua producida por la condensación del soplo caliente y húmedo con el material frío, obstruyendo así el pase libre de aire por la embocadura y el canal de la flauta. Esto produce a menudo cortes y ‘ahogos’ en el sonido, obligando a eliminar el exceso de agua para proseguir con la interpretación.
El efecto de la condensación afecta a todos los instrumentos de viento, incluidas las flautas dulces de madera. La madera, como tiene mayor poder de absorción, minimiza este efecto, pero no lo elimina. Es por ello que se suele utilizar líquido anti-condensación para atenuar su efecto.